La France abrite une faune et une flore très diversifiées, notamment dans ses territoires d'outre-mer. Mais beaucoup de ces espèces sont menacées, en raison de la destruction et de la dégradation des milieux naturels, du braconnage, de la surexploitation, de l'introduction d'espèces envahissantes, de la pollution et du changement climatique. La France se classe ainsi au sixième rang des pays hébergeant le plus grand nombre d'espèces animales et végétales en danger au niveau mondial, après l'Equateur, la Malaisie, les Etats-Unis, l'Indonésie et le Mexique. Pour mieux protéger ce patrimoine naturel menacé, l'Assemblée nationale examine un projet de loi sur la biodiversité, du lundi 16 au jeudi 19 mars.

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• 21 % des espèces animales en métropole menacées ...

Grand hamster d'Alsace, grue cendrée, lézard ocellé, esturgeon européen... Ce sont quelques exemples des animaux menacés de disparition sur le territoire métropolitain. Dans la liste rouge établie par le comité français de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et le Muséum national d'histoire naturelle de Paris, 21 % des espèces sont classées « en danger critique », « en danger » ou « vulnérables ». C'est le cas pour 9 % des mammifères terrestres et marins (comme le vison d'Europe, le mouflon, le cachalot ou plusieurs chauve-souris...), dont certains ont même été totalement rayés de la carte (bouquetin des Pyrénées, phoque moine et baleine des Basques).

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Le même classement s'applique à 27 % des oiseaux nicheurs (vautour moine, sterne arctique, macareux moine, aigle de Bonelli, flamant rose, cigogne noire, gypaète barbu, bécassine des marais...), 19 % des reptiles (lézard d'Aurelio et du Val d'Aran, vipère d'Orsini, tortue d'Hermann...), 21 % des amphibiens (grenouille des champs et des Pyrénées, salamandre de Lanza, sonneur à ventre jaune...), 22 % des poissons d'eau douce (anguille européenne, brochet, lamproie de rivière, lote, saumon atlantique, omble chevalier...), 28 % des crustacés d'eau douce (écrevisse des torrents, à pattes rouges et à pattes blanches, endémique du Var...), ainsi que 6 % des papillons de jour (hespérie du barbon, mélibée, fadet des tourbières, damier du frêne...).

Quant à la flore vasculaire (hors mousses et algues) de la métropole, une première évaluation, sur un quart des 4 400 variétés recensées, montre que 58 % d'entre elles sont menacées, dont beaucoup en danger critique (ail odorant, souchet jaune, trèfle raboteux, nigelle des champs...).

• ... et 15 % des espèces ultramarines
  

Dans les territoires ultra-marins, où la biodiversité est particulièrement riche – ils abritent 96 % de la faune invertébrée et 97 % des plantes spécifiques à la France –, 15 % des espèces sont en danger. Une moyenne qui ne porte que sur des inventaires très incomplets et qui masque de fortes disparités. En Polynésie française, 88 espèces ont déjà disparu et 61 sont en danger critique d'extinction. En Nouvelle-Calédonie, 478 espèces sont menacées.

Sur l'île de La Réunion, plus d'un tiers des espèces d'oiseaux, dont beaucoup ne vivent nulle part ailleurs dans le monde, sont en péril (tuit-tuit, fouquet noir, busard de Maillard, pétrel de Barau...) ou ont déjà disparu (aigrette dimorphe, cormoran africain, perruche verte des Mascareignes...). Un mammifère sur cinq est en danger (baleine à bosse, rousette noire...). Les trois reptiles indigènes, comme le gecko vert de Bourbon, sont eux aussi en péril, de même qu'un tiers des poissons d'eau douce (anguille bicolore, cabot noir, loche, mulet enchanteur...) et 14 % des papillons diurnes.

La flore indigène est également malmenée. A La Réunion toujours, 30 % des plantes vasculaires sont fragilisées par le développement urbain et agricole, les feux, la concurrence des multiples espèces importées, mais aussi les prélèvements destinés à la vente (notamment pour les orchidées) ou aux usages thérapeutiques (comme pour l'écorce du bois de ronde). Parmi les plantes emblématiques de l'île, le petit tamarin des Hauts a vu ses peuplements décliner de moitié depuis le milieu du XIX^e siècle, et le bois d'éponge est en sursis. La disparition de ces végétaux entraînerait leur extinction mondiale.

• Quelques résultats encourageants

Une amélioration est toutefois observée pour certaines espèces, grâce aux politiques de protection et de restauration des milieux mises en place, souligne le dernier rapport sur l'environnement en France. On note, depuis trente ans, une augmentation des effectifs des oiseaux d'eau hivernants (courlis cendré, harle huppé, oie cendrée, bernarche cravant...), dont la France, à la croisée des voies de migration, abrite la plus importante population après les Pays-Bas et le Royaume-Uni.

De même, la loutre et le castor recolonisent les cours d'eau, dans les bassins de la Loire, de la Garonne et du Rhône. Le bouquetin des Alpes et, plus généralement, les ongulés de montagne (chamois, isard) reprennent du poil de la bête. Le mérou brun et le corb (poisson des fonds rocheux) ont pour leur part bénéficié des aires marines protégées en Méditerranée.

• Un retour précaire des grands prédateurs

Les grands carnivores, espèces emblématiques, sont de retour en France. Naturellement revenue dans l'Hexagone depuis les Alpes italiennes en 1992, après avoir disparu dans les années 1930, la population de loups, qui atteint aujourd'hui 300 individus, ne cesse de coloniser des territoires : Massif central, Pyrénées orientales, Vosges, Haute-Marne ou encore Aube. Le taux de croissance de l'espèce avoisine 20 % par an, en raison de l'expansion des forêts, de la nourriture abondante et diversifiée (le nombre d'ongulés sauvages est en hausse depuis trente ans) et d'un statut de protection favorable, avec la convention de Berne de 1979 et la directive européenne Habitat Faune Flore de 1992. Malgré les conflits répétés avec les éleveurs, et le quota de 24 loups qui peuvent légalement être abattus chaque année, Canis lupus est apte à perdurer en France. « Par sa capacité de reproduction, de survie et de colonisation de l'espace, il est capable de s'adapter à différents milieux. C'est un peu l'animal passe-partout », explique Eric Marboutin, chef de projet loup et lynx à l'Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS).

>> Lire l'entretien avec Eric Marboutin : "La population de loups croît en France à un rythme de 20 % par an"

Disparu de France au cours du XIX^e siècle, le lynx boréal, autre espèce protégée, est revenu naturellement dans les années 1980 dans le Jura français à partir de réintroductions dans le Jura suisse. Depuis, l'espèce n'a cessé de s'étendre. La population, de 150 individus en 2013, est aujourd'hui observée sur une grande partie de la façade Est du pays et poursuit sa progression vers le sud. L'expansion de l'espèce est toutefois menacée par la fragmentation des milieux forestiers dans lesquels elle évolue. Les collisions avec des véhicules sont responsables de 59 % des cas de mortalité, selon le ministère de l'écologie.

Quant à l'ours, chassé par le passé des plaines puis des montagnes, il n'a survécu que dans les Pyrénées, où ses effectifs étaient estimés entre 100 et 150 individus dans les années 1940. Il n'en subsiste plus à présent, après deux réintroductions de plantigrades slovènes, en 1996-1997 puis en 2006, que 24, répartis en deux groupes sur les Pyrénées françaises et espagnoles – la sous-population des Pyrénées-Atlantiques, risquant de disparaître, avec seulement deux mâles. « La population n'est pas viable à une échéance de cinquante ans », prévient Alain Reynes, directeur de l'association de protection Pays de l'ours-ADET. A tel point que la Commission européenne a lancé une procédure d'infraction contre la France pour défaut de protection d'Ursus arctos.

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• De nombreux habitats dégradés et peu de zones de forte protection

L'une des principales menaces qui s'exercent sur la biodiversité réside dans la fragmentation, la destruction ou la modification des habitats des espèces. Les raisons sont nombreuses : intensification des activités agricole et sylvicole, surpêche, pollutions, changement climatique, mais surtout artificialisation du territoire (sols bâtis, routes, parkings, etc). Les sols artificialisés ont ainsi augmenté de 68 000 hectares par an en moyenne de 2006 à 2012 pour atteindre 9,1 % du territoire métropolitain en 2012.

Conséquence : les trois quarts des habitats naturels français s'avèrent dans un état de conservation défavorable, contre seulement 22 % dans un état « favorable », selon une évaluation réalisée sur la période 2007-2012, dans le cadre de la directive Habitat Faune Flore. Les milieux les plus dégradés sont les dunes, les tourbières et bas-marais calcaires, ainsi que les habitats marins et côtiers.

La protection française des espaces naturels a pris son envol au début des années 1960, avec la création progressive d'une vingtaine d'outils et de statuts, tels que les parcs nationaux (au nombre de dix), les parcs régionaux (48), les réserves naturelles (166 nationales, 129 régionales et 6 corses), les sites Natura 2000 ou encore les arrêtés de biotopes. Malgré tout, seulement 1 % du territoire métropolitain est aujourd'hui « sous protection forte » – un chiffre qui est censé doubler d'ici à 2019 en vertu des engagements du Grenelle de l'environnement. « Nous avons des lacunes en termes de protection par rapport à nos voisins européens, regrette Daniel Vallauri, chargé de la biodiversité et des forêts pour WWF France. En France, l'homme a toujours façonné l'ensemble de ses paysages, notamment par l'agriculture, l'exploitation forestière et l'urbanisation. Et nous avons des propriétaires et des usages privés partout, qu'il faut satisfaire. »

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• La menace des espèces exotiques envahissantes

Deuxième menace pour la biodiversité, après la disparition et la fragmentation des habitats : les espèces envahissantes, des animaux et végétaux d'origine exotique qui concurrencent les espèces indigènes par une population en très forte augmentation. Elles ont été introduites par l'homme en dehors de leurs milieux d'origine, volontairement ou accidentellement. Un phénomène amplifié avec le développement des échanges commerciaux et des transports.

En 2013, l'Inventaire national du patrimoine naturel a identifié 111 espèces invasives, dont 72 espèces végétales continentales, sur les 2 201 introduites en métropole.

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Le frelon asiatique est emblématique des insectes envahissants, à la dynamique de colonisation très rapide. Introduit vraisemblablement en France avec des poteries importées de Chine, il a été signalé pour la première fois dans le Lot-et-Garonne en 2004. Depuis, il était répertorié dans 57 départements en 2012. Il s'attaque aux insectes et notamment aux abeilles, mais peut aussi provoquer des dégâts dans les vergers en se nourrissant de fruits. Dans les milieux marins en outre-mer, la jacinthe d'eau, originaire d'Amérique du Sud, constitue une menace car elle eutrophie les milieux aquatiques, en formant un épais tapis végétal flottant qui empêche la lumière et l'oxygène de pénétrer en profondeur. Il en est de même pour le poisson-lion, qui s'attaque aux larves, œufs, juvéniles, crustacés, sans avoir lui-même de prédateurs.